Как медицинским организациям учитывать НДС и КПН в 2026 году - FCHAIN

Как медицинским организациям учитывать НДС и КПН в 2026 году

 С 1 января 2026 года в Казахстане вступили в силу новые правила налогообложения медицинских организаций по НДС и КПН. Изменения затрагивают медицинские услуги, реализацию лекарственных средств, медицинских изделий, а также порядок применения льгот и ставок налогов.

 

НДС по реализации медицинских услуг в 2026 году

Освобождение от НДС

Согласно ст.474 НК РК освобождаются от НДС обороты по реализации:

1. медицинских услуг;
2. лекарственных средств,

если они оказываются в рамках ГОБМП, в рамках ОСМС и для лечения орфанных и социально значимых заболеваний.

Освобождение применяется только:

1. субъектами здравоохранения;
2. при наличии лицензии на медицинскую деятельность;
3. по перечням, утвержденным Постановлением Правительства РК от 31.12.2025 №1203.

Освобождение импорта от НДС

Согласно ст.479 НК РК освобождается от НДС импорт лекарственных средств:

1. в рамках ГОБМП;
2. ОСМС;
3. для лечения орфанных и социально значимых заболеваний.

Перечень и правила применения льготы также утверждены Постановлением №1203.

 

Ставки НДС в 2026 году

Ставка 16 %

Общая ставка НДС в 2026 году составляет 16 %, если иное не предусмотрено НК РК.

Ставка НДС 5 %

Согласно ст.503 НК РК ставка НДС 5 % применяется к:

1. Реализации и импорту:

• ~ лекарственных средств (кроме освобожденных);
• ~ медицинских изделий;
• ~ комплектующих медицинских изделий;
• ~ технических вспомогательных средств.

Перечень утвержден Постановлением Правительства РК от 31.12.2025 №1204.

2. Медицинские услуги

Ставка 5 % применяется к медицинским услугам, оказываемым:

• ~ субъектом здравоохранения;
• ~ при наличии лицензии на медицинскую деятельность.

При этом ставка 5 % НЕ применяется к услугам, освобожденным от НДС по ст.474 НК РК.

 

Как отражать НДС в форме 300.00

В декларации по НДС (форма 300.00):

В строке 300.00.001 отражаются:

• ~ обороты по ставке 16 %;
• ~ обороты по ставке 5 %.

НДС в зачет

Согласно ст.480 НК РК медицинская организация вправе относить НДС в зачет:

• ~ по ЭСФ поставщиков;
• ~ по импортному НДС.

Главное условие — товары, работы и услуги должны использоваться в облагаемом обороте.

 

КПН для медицинских организаций в 2026 году

Ставка КПН 5 %

Согласно ст.357 НК РК ставка КПН 5 % применяется к организациям социальной сферы в 2026 году.

Кто относится к организациям социальной сферы

Согласно ст.15 НК РК организацией социальной сферы признается юридическое лицо, у которого:

• ~ не менее 90 % СГД составляют доходы от деятельности в социальной сфере;
• ~ имеется лицензия на медицинскую деятельность.

К деятельности в социальной сфере относится:

• ~ оказание медицинских услуг.

Какие доходы также учитываются в 90 %

Дополнительно учитываются: благотворительная помощь, спонсорская помощь, безвозмездные поступления, членские взносы, депозитные вознаграждения, положительная курсовая разница.

 

Когда применяется ставка КПН 20 %

Ставка КПН 20 % применяется:

• ~ если не выполняются условия ст.15 НК РК;
• ~ по иной деятельности, не относящейся к социальной сфере;
• ~ при реализации лекарственных средств и медицинских изделий.

 

Выводы

В 2026 году медицинским организациям необходимо особенно внимательно подходить к вопросам налогообложения и учета НДС. Важно правильно разграничивать освобожденные обороты, обороты, облагаемые по ставке 5 %, а также операции, подпадающие под общую ставку НДС 16 %. Кроме того, организациям необходимо корректно вести учет входящего НДС, выбирать подходящий метод отнесения НДС в зачет и анализировать структуру доходов для применения льготной ставки КПН 5 %.

Ошибки при применении налоговых ставок, льгот и порядка учета могут привести к доначислению налогов, начислению пени и возникновению налоговых рисков при проверках. Поэтому медицинским организациям важно своевременно проводить налоговый анализ и контролировать соответствие требованиям налогового законодательства РК.

 

Бухгалтерские и налоговые услуги от FChain

Компания FChain оказывает профессиональные бухгалтерские и налоговые услуги для медицинских организаций Казахстана. Мы сопровождаем клиники, медицинские центры и другие субъекты здравоохранения в вопросах бухгалтерского и налогового учета с учетом всех изменений законодательства РК.

Мы предлагаем:

— правильное определение и применение ставок НДС;

— бухгалтерское сопровождение медицинских центров и клиник;

— подготовку и проверку декларации по НДС (форма 300.00);

— аутсорсинг бухгалтерии;

— подготовку налоговой отчетности и снижение налоговых рисков.

FChain — надежный партнер для медицинского и фармацевтического бизнеса в Казахстане.

 

Налог на имущество: что изменилось для ЮЛ и ИП

Подготовила: Молдир Мухтар

Специалист по развитию бизнеса

 FChain Казахстан

📩 almaty@f-chain.com
📱 WhatsApp: +7 771 214 1820